Een groot gedeelte van het onderzoek dat Janjaap Luijt verricht bestaat uit archiefonderzoek ten behoeve van bouwhistorische projecten door particulieren, architecten, instellingen (bijv. Woningstichting Bo-ex te Utrecht) en onderzoeksbureaus, zoals Bureau voor Bouwhistorie en Architectuurgeschiedenis (BBA) in Utrecht en SB4 Bureau voor Historische Tuinen, Parken en Landschappen te Wageningen. Projecten waarvoor onderzoek werd verricht waren:
- Huis Amerongen te Amerongen
- Huis Wayenstein te Amerongen
- Trippenhuis te Amsterdam
- Huis Bronbeek te Arnhem
- Begraafplaats Moskowa te Arnhem
- Kerktoren van de NH-kerk te Asperen
- Alverna te Bloemendaal
- Baarnse Bosch te Baarn
- Koninklijk Domein Soestdijk te Baarn
- Park Erica te Bennekom
- Begraafplaats Duinrust te Beverwijk
- Huis Akerendam te Beverwijk
- Villa Tetterode te Bloemendaal
- Beerschoten in De Bilt
- De Vechtstroom te Breukelen
- Kasteel Nijenrode te Breukelen
- Brediuskwartier te Bussum
- Vliegveld Deelen
- Voorhaven 57 te Delfshaven
- Blasiusstraat 2 te Deurne
- Landgoed Lonnekermeer te Deurningen
- Spoorwegstation te Deventer
- Vakantieoord ‘Amsterda’ te Dieren
- Buitenplaats Broekbergen te Driebergen
- De Woerd te Driebergen
- Landgoed Wolfslaar te Ginneken
- Landgoed Dorth te Gorssel
- Landgoed Hassink te Gorssel
- Vuurtoren te Goederede
- Landgoed Boekesteyn te ‘s-Graveland
- Landgoed Gooilust te ‘s-Graveland
- Landgoed Jagtlust te ‘s-Graveland
- Landgoed Land en Bosch te ‘s-Graveland
- Landgoed Trompenburg te ‘s-Graveland
- Groot Heiligland 26 te Haarlem
- Jansstraat 79-81 te Haarlem
- Kleine Houtweg 18 te Haarlem
- Kasteel De Haar te Haarzuilens
- Landgoed Heidepark te Hilversum
- Gedenknaald te Heemstede
- NH kerk te Hengelo (Gld.)
- Landgoed Bantam te Hilversum
- Huis Hoevelaken te Hoevelaken
- Buitenplaats Oud-Bussem te Huizen
- Burgwal 86 te Kampen
- Oudestraat / Breedesteeg te Kampen
- Hege Hûs te Leeuwarden
- Landgoed De Treek te Leusden
- Publicatie Kastelen in Limburg
- Erve Beernink te Losser
- Landgoed Hakenberg te Losser
- Maarssenbroeksedijk-Oost 38 te Maarssen
- Buitenplaats Otterspoor te Maarssen
- Hof Moerkerken te Mijnsheerenland
- Buitenplaats Achem te Ommen
- Landgoed Eerde te Ommen
- Landgoed Hartenstein te Oosterbeek
- Cosijnbrug te Oudewater
- Kasteel Gen Hoes te Oud-Valkenburg
- Natuurgebeid Rhederoord te Rheden
- Nationaal Legermonument te Rhenen
- Landgoed Remmerstein te Rhenen
- Buitenplaats ’t Vrouwenveld te Roosendaal
- Buitenplaats Haanwijk te Sint-Michielsgestel
- Buitenplaats Paltz te Soest
- Vliegbasis Soesterberg
- Kloostertuinen te Steyl
- Landgoed Baasdam te Tubbergen
- Landgoed Wezeveld te Twello
- ’s Rijks Munt te Utrecht
- Keizerstraat 35 te Utrecht
- Nieuwe Gracht 165 te Utrecht
- Driftcluster (Drift, Nobelstraat, Keizerstraat, Wittevrouwenstraat) te Utrecht
- Universiteitsbibliotheek (kleuronderzoek) te Utrecht
- Hofje Goedesteeg te Utrecht
- De Planeet (Lange Viestraat) te Utrecht
- Fort Vossegat (Kromhoutkazerne) te Utrecht
- Rotsoord te Utrecht
- Pastoie te Varsseveld
- Landgoed Beekzicht te Voorst
- Gevangenis van Kamp Vught
- Kasteel Waardenburg te Waardenburg
- De Molenhoek te Wageningen
- Buitenplaats De Waliën te Warnsveld
- Huis Maarheeze te Wassenaar
- Berkheideveld te Wassenaar
- Kasteel Beverweerd te Werkhoven
- Postkantoor te Winterswijk
- Wittemer watermolen te Wittem
- Landgoed Mattemburgh te Woensdrecht
- Kasteel Duurstede te Wijk bij Duurstede
- Huis Sevenaer te Zevenaar
- De Colckhof te Zwolle
- Villatuinen in Nederland